Під час визвольної війни Богдана Хмельницького, в 1648 році кляштор бернардинів руйнують козаки.  Так і стояв  зруйнованим костел до повернення монахів в 1690 році, які почали відновлення кляштору. В 1724 році Франциск Помаранський дарує костелу образ Гусятинської Божої Матері. Завершилось відновлення будівлі в 1728 році.  На той час збільшилася кількість монахів, кляштор знову отримав ранг конвенту. Якийсь час там проводилися вчення з моральної теології. Відновили роботу братства. У криптах костелу ховали найбільш видатних мешканців міста. У 1770 році через епідемію в кляшторі померло 8 монахів.

За часів перебування міста у складі Австро-Угорської імперії, костел діє, як парафіяльний. Під час Першої світової війни, коли місто захопили московити, монахи знову залишили кляштор і повернулися вже в 1938 році. Та в 1946 році, знову повернулися московити і монахи вимушені знову покинути свій монастир.  Нині, як і до війни, Гусятин належить до Львівської архідієцезії. Повернення храму віруючим відбулося в 90-ті роки ХХ століття після розпаду совьєтського союзу.

В 1991 році брати Францисканці знову повернулися до Гусятинської парафії, першим з них був бр. Отто Пєжхала з Польщі. На даний (2010р.) час парафія в Гусятині нараховує близько 50 римо - католиків. Брати ще доїжджають також до інших парафій. Храм зараз  діючий, служби відправляються кожну неділю.