В ті часи монастирські будівлі були дерев’яні, обнесені частоколом та земляними валами і ровом. Монастир називають і Семенівським, мабуть через те, що здавна село Семенів належало монастирю. Спираючись на збережені документи, можна зробити припущення, що монастир був заснований в княжі часи, князем Васильком, в XII столітті. Під час монголо-татарської навали хана Батия, монастир було знищено. Аналогічна доля спіткала і василіанський монастир у Плісненську поблизу Підгірець. Обидві обителі відбудовувалися у XVII столітті.

Перша письмова згадка про Підгорянський монастир відноситься до 1663 року, коли у своєму привілеї король Ян Казимир підтвердив права монастиря на село Семенів, землі поблизу села та млин. В XVII столітті монастир збільшив свою площу, був обнесений кам’яними мурами, по кутах були вимурувані чотири оборонні вежі. Головна вежа з брамою була зведена в 1716 році, про що є напис на західній стіні. З лівої сторони від вежі з брамою було споруджено житловий корпус для монахів (63 на 10 метрів), що складався з келій та їдальні на першому поверсі, та з великої зали на другому поверсі. До житлового корпусу прилягала тридільна кам'яна церква Івана Хрестителя.

Враховуючи поважний вік церкви (вона старша за мури монастиря) і зведена в XVI столітті, храм зберіг у своїй архітектурі класичні аркадні склепіння, елементи готики та ренесансу. Під дахом церкви збереглися оборонні бійниці, що свідчить про оборонний характер храму.

Вже на початку XVIII століття Підгорянський монастир став одним з найзначніших монастирів Галичини та Поділля. В той час в монастирі проживало 19 ченців. Під управою монастиря знаходилися Звиняцька та Збаражзька обителі. У 1711 році ігумен монастиря Діонісій Александрович приймав участь у першому з’їзді чернецтва Львівської дієцезії в Уніві. За часів ігумена Іраклія Костецького (60 роки XVIII століття), монастир став просвітницьким центром для чернечої молоді. Тут викладали богослов’я та філософію, астрономію, була зібрана велика бібліотека. В 1789 році австрійська влада закрила монастир, продала монастирські будівлі, бібліотеку передала до Львівського університету, церковне майно роздано у інші храми. Монастир почав занепадати.

На початку XX століття церква була відновлена та перекрита бляхою. Та під час Першої світової війни московські окупанти пограбували монастир та підірвали мури та келії монастиря. В 1926 році розпочалася часткова реставрація та консервація решток споруд монастиря польською владою. З 1939 року занепад монастиря продовжився. Після Другої світової війни на території монастиря, з 1960 року, розмістилася військова частина. Вояки в 1960 році підірвали одну з башт, видно заважала «обороне камунизма».

На початку 90 років XX століття монастир переданий парафіям сіл Зеленче та Підгора. Під керівництвом пароха Ярослава Стрілки відбудували церкву. Всі інші споруди монастиря знаходять в напівзруйнованому та зруйнованому стані. Зараз проходять кволі реставраційні роботи. В 2011 році відновлювалася східна башта та східний оборонний мур.